Die Ursprünge des Museums vermischen sich mit den aus dem 18. Jh. stammenden Sammlungen der trentiner Prominenz, die das kunsthistorische Museum, das im Rathaus der Stadt entstand, bereicherten. Es waren mineralogische, petrografische und malakologische Sammlungen, neben anderen altertümlichen und archäologischen Gegenständen. 1922 entstand das Stadtmuseum für Naturgeschichte von Trento und 1964 wurde das Wissenschaft Museum gegründet, das auch verschiedene Außenstellen in der Gegend hat: der Botanische Garten der Alpen der Viote von Monte Bondone, das Pfahlbautenmuseum von Molina di Ledro, der Baumgarten in Arco, das Klimatologische Observatorium in Roncafort und das Glaziologische Zentrum Julius Payer in Mandron im Val Genova.